2055年。手のひらサイズの小型ロボット「LBX」は世界最高のホビーと稱され、プロリーグの設(shè)立などビジネスにおいても大きな存在感を放つ時代となっていた。そんな中、選りすぐりのプレイヤーが集うLBXのための學(xué)校「神威大門統(tǒng)合學(xué)園」に転入した少年、『瀬名アラタ』と『星原ヒカル』を待っていたのは、想像を超える出來事であった。學(xué)園の地下に広がる、直徑10kmの巨大ジオラマ。放課後にそこで繰り広げられる、「ウォータイム」という學(xué)園獨自の謎の規(guī)則。そして、LBX完全破壊（ロスト）による退學(xué)…。クラス委員長『出雲(yún)ハルキ』のチーム「第1小隊」に配屬されたアラタとヒカルは、転入した2年5組、通稱【ジェノック】のLBXプレイヤーとして、幾多の思惑が渦巻く學(xué)園の謎を背景に、壯絶な運命へと身を投じる――！
